Os cursos do ensino secundário científico-humanístico são lecionados na Escola Básica e Secundária Joaquim Inácio da Cruz Sobral, a escola-sede do Agrupamento, localizada Sobral de Monte Agraço.
Existem no Agrupamento turmas dos cursos (Ciências e Tecnologias, Ciências Socioeconómicas e Línguas e Humanidades)