O Conselho Geral do Agrupamento de Escolas Joaquim Inácio da Cruz Sobral é composto por dezasseis elementos.
No Conselho Geral está salvaguardada a participação de representantes do pessoal docente e não docente, dos pais e encarregados de educação, dos alunos, do município e da comunidade local.
As suas competências estão definidas no artigo 13.º do DL 75/2008 de 22 de abril.
Entre elas contam-se a eleição do Diretor e a aprovação do Projeto Educativo, Regulamento Interno, Plano Anual de Atividades e Relatório de Contas.